微波萃取設備的工作原理注意可以從以下三方面著手：
1.當細胞吸收了高頻電磁微波能，內部的溫度會急速上升此時的從細胞壁是無法承受這樣的壓力的，所以就會破裂流出成分，隨后在低溫下進行進一步的過濾和分離；
2.微波形成的電磁場被用于萃取裝置，就可以加速萃取的進行此時的分子會從固體內部向固液界面迅速擴散；
3.微波和分子的相關連，頻率分子吸收微波能力是存在差異的，所以可以借此對需要的組分選擇性加熱并萃取。
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